A seguito del rapido aumento dei casi di COVID-19 nel sud-est dell’Inghilterra, sono state potenziate le analisi della sequenza del genoma virale isolato. Il consorzio Covid-19 Genomics UK (COG-UK), che si occupa del sequenziamento genetico casuale di campioni COVID-19 positivi in tutto il Regno Unito, ha identificato un’ampia percentuale di casi appartenenti ad un nuovo singolo cluster filogenetico.
La variante
La nuova variante è definita da 9 mutazioni a livello della proteina spike (delezione 69-70, delezione 144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H) nonché da altre mutazioni presenti in diverse regioni genomiche. LINK
L’analisi, al momento preliminare, condotta su questa variante suggerisce una sua maggiore capacità di trasmissione rispetto alle varianti già circolanti e sequenziate, con un numero riproduttivo (R) potenziale stimato a circa 0,4, e con una trasmissibilità stimata fino al 70%.
E’ importante sottolineare che:
- SARS-CoV-2 è un virus a RNA ed è già noto come questo tipo di virus sia in grado di mutare naturalmente e costantemente attraverso mutazioni che portano alla comparsa di nuove varianti. Sono già emerse migliaia di mutazioni, ma è probabile che solo una piccolissima minoranza sia significativa nel determinare modifiche nel comportamento del virus
- questa nuova variante è emersa in un periodo dell’anno in cui tradizionalmente vi è una maggiore mescolanza familiare e sociale
- non ci sono indicazioni – ad oggi – di una maggiore gravità dell’infezione associata a questa nuova variante
- la nuova variante probabilmente circolava da qualche tempo in Europa. Ad oggi, casi stati segnalati da Danimarca e Paesi Bassi e, secondo i media, anche in Belgio e in Italia.
Cosa possiamo fare
Alla luce di quanto detto, è ancora più importante cercare di prevenire e controllare la diffusione del virus, evitando viaggi e attività sociali non essenziali. Inoltre, le persone con un legame epidemiologico con soggetti positivi per la nuova variante o con una storia di viaggio nel Regno Unito dovrebbero essere testate e i contatti andrebbero seguiti al fine di fermare la diffusione della nuova variante.
Per i laboratori di microbiologia
- i laboratori sono sollecitati ad analizzare e possibilmente sequenziare gli isolati di virus in modo tempestivo per identificare eventuali casi della nuova variante. Se vengono identificati casi infetti da questa nuova variante SARS-CoV-2 o da altre nuove varianti SARS-CoV-2 potenzialmente preoccupanti, i Paesi devono notificarlo tramite il sistema di allarme rapido e risposta dell’Unione europea
- i laboratori dovrebbero prestare particolare attenzione alle prestazioni della PCR in relazione al gene S. La mancata rilevazione del gene S in campioni positivi per altri geni potrebbe essere utilizzata come indicatore per i casi con la nuova variante per ulteriori sequenze e indagini
- casi sospetti di reinfezione da COVID-19 devono essere seguiti, strettamente accompagnati dal sequenziamento dei rispettivi isolati di virus.
Il vaccino funzionerà ancora?
Le mutazioni della nuova variante di SARS-CoV-2 risiedono, come detto, nella proteina spike: il target dei principali vaccini. Tuttavia, i vaccini agiscono inducendo la produzione di anticorpi contro diverse regioni della proteina ed è improbabile che mutazioni puntiformi lo rendano meno efficace. In ogni caso, qualora si verificassero ulteriori mutazioni, i vaccini potranno essere man mano modificati e adattati. Questo già accade con i vaccini contro l’influenza stagionale, che vengono aggiornati ogni anno tenendo conto dei ceppi circolanti.
Fonti
- Threat Assessment Brief: Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom. https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-rapid-increase-sars-cov-2-variant-united-kingdom
- https://www.cogconsortium.uk/data/
- https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563